Historique: L'instrument fut construit par l'abbé Victor Tronchet facteur d'orgue de la fin du XIXème siècle et du début du XXème siècle. L'abbé Tronchet était prètre à Nogent-le-Rotrou. Comme prètre diocésain, il eut une influence considérable sur la musique d'orgue dans les premières décennies du siècle dernier et fut le professeur en manufacture du chanoine Joseph Chanet, curé de Villemeux-sur-Eure. Depuis le XVIème siècle, il y eut des orgues à l'église de Cloyes. La première mention d'un orgue date de 1548. Jusqu'au XIXème siècle, il y eut beaucoup de reconstructions pour mettre les orgues au goût du jour. En 1898, l'orgue est à bout de souffle; il est envisagé de le reconstruire et la fabrique fait appel à l'abbé Tronchet. La construction a lieu de 1900 à 1901. Il s'agit d'un instrument de 10 jeux. Il fut bénit le 7 juillet 1901. Son coût était de 11.568,05 francs. Le clavier de grand-orgue de 56 notes avait les jeux suivants: Bourdon 16', Montre 8', Flûte harmonique 8', Prestant 4'. Le récit de 56 notes avait les jeux suivants: Bourdon 8', Gambe 8', Voix céleste 8', Flûte octaviante 4', Basson-Hautbois 8', Trompette 8'. Le pédalier de 20 notes était en tirasse permanente. Jusqu'en 1983 les orgues furent régulièrement entretenues et étaient un témoin de la manufacture Tronchet par une homogénéité remarquable. En 1983, l'orgue est transformé par les établissements Dargassies qui en font un instrument néo-baroque et dans un souci d'accroître les possibilités de l'instrument. Il est toujours entretenu par le même établissement. Acoustique 2 secondes.
